O pantoprazol sódico sesqui-hidratado não deve ser usado por indivíduos que apresentem alergia (hipersensibilidade) conhecida ao pantoprazol, benzimidazólicos substituídos ou aos demais componentes da fórmula. Este medicamento é contraindicado para menores de 5 anos de idade.

Exclusivo 40 mg em terapia combinada para erradicação do Helicobacter pylori, pantoprazol sódico sesqui-hidratado não deve ser administrado a pacientes com problemas moderados ou graves no fígado ou com problemas nos rins, uma vez que não existe experiência clínica sobre a eficácia e a segurança da terapia combinada (por exemplo, amoxicilina, claritromicina) nesses pacientes.